Bởi Imhotep được coi là người sáng lập ra cách chữa bệnh, ông thỉnh thoảng cũng được coi là người đỡ nữ thánh Nut (vị thần của bầu trời), vì sự cách biệt giữa Nut và Geb (vị thần của trái đất) được cho là đã có từ thời hỗn mang. Vì vị trí mà ông sẽ có theo thuyết này, ông thỉnh thoảng cũng được coi là con của Nut. Trong nghệ thuật ông cũng có liên quan tới vị nữ thần vĩ đại, Hathor, người cuối cùng được cho là vợ của thần Ra. Ông cũng gắn với Ma'at, nữ thần là hiện thân của ý tưởng về sự thực, trật tự vũ trụ và công lý đã lập ra trật tự cho hỗn mang và chịu trách nhiệm duy trì nó. Người Ai cập cổ đại cũng tin rằng sau khi chết Imhotep trở thành một vị thần.

Hai ngàn năm sau khi ông mất, tượng của ông được dựng lên như một vị thần. Ông đã trở thành vị thần của y học và chữa trị. Sau này ông được người Hy Lạp gắn với Asclepius. Ông cũng liên quan tới Amenhotep con trai của Hapu, cũng là một kiến trúc sư được phong thần, trong vùng Thebes nơi họ được thờ cúng như "những người anh em".[16]